Der Name Rahden, früher ›Rodun‹ oder ›Roden‹, wird urkundlich zum ersten Mal 1033 in einer Urkunde Kaiser Konrads II. erwähnt. Darin wird die Rechtmäßigkeit von Güterschenkungen in ›Rodun‹ bestätigt, die den Grundbesitz der Mindener Kirche mehrten.

Dem Namen liegen Rodungen der umfangreichen Wälder zugrunde, die im Mittelalter der zunehmenden Besiedlung dienten. Die eigentliche Besiedlung begann im Schutze der Anfang des 14. Jahrhunderts von den Mindener Bischöfen errichteten Wasserburg beim heutigen Mühlendamm in Kleinendorf. Die Wasserburg diente dem Schutze des Aueübergangs und als Grenzbefestigung des Fürstentums Minden im Westen. Auch in brandenburg-preußischer Zeit war sie noch Sitz der Drosten und Amtmänner, die von hier die Vogteien Rahden und Stemwede leiteten. Die Ruine des Haupthauses ist heute noch erhalten.

Mit dem Bau der Rahdener Kirche, die Bischof Gerhard I. 1353 stiftete, verlagerte sich der Siedlungsschwerpunkt zum heutigen Zentrum um die St. Johannis-Kirche Rahden. Die Stadtrechte erlangte Rahden durch eine Gebietsreform im Jahre 1973. Im Zuge der Kommunalen Gebietsreform wurde das alte Amt Rahden aufgelöst und die ehemals selbstständigen Gemeinden Rahden, Kleinendorf, Varl, Sielhorst, Preußisch Ströhen,  Wehe und Tonnenheide zur neuen Stadt Rahden zusammengeschlossen.

Karger Sandboden, Moore und Heide brachten den Bauern im Rahdener Land früher nur spärliche Erträge. Neben der Landwirtschaft spielte daher die Flachsverarbeitung und Leinenerzeugung eine wichtige Rolle. Durch den Niedergang der Leinenerzeugung und infolge von Missernten in der Mitte des 19. Jahrhunderts wanderten viele Rahdener aus. Erst mit dem Beginn der Industrialisierung und verbesserten Wirtschaftsbedingungen in der Landwirtschaft blühten Handel und Wandel in Rahden wieder auf und die Bevölkerungszahl stieg wieder an.